9 月(yuè) 29 日，國家器(qì)審中心發布了一篇文(wén)章(zhāng)——《當前關于病原體宏基因組高(gāo)通量測序産品的(de)幾點考慮》。文(wén)章(zhāng)對 mNGS 産品預期臨床使用(yòng)場(chǎng)景、檢測樣本及适應證、檢測病原體種類範圍、配套使用(yòng)的(de)數據庫、測序數據要求、陽性判斷值的(de)研究、檢測結果的(de)報告、驗證與确認的(de)考慮等八方面進行(xíng)了詳細的(de)描述和(hé)規範，刀(dāo)刀(dāo)見血，引發了業(yè)内人(rén)士的(de)廣泛關注。
病原體宏基因組高(gāo)通量測序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）技術(shù)是近幾年新興的(de)、發展快速的(de)一項檢測技術(shù)，能(néng)夠對樣本中所有(yǒu)的(de)核酸進行(xíng)無偏倚測序，包括難以培養病原體和(hé)新發病原體的(de)核酸，如(rú)新冠病毒、猴痘病毒的(de)溯源和(hé)發現，mNGS 功不可(kě)沒！
而對于國家器(qì)審中心發布的(de)這篇文(wén)章(zhāng)，不同人(rén)有(yǒu)不同的(de)見解，但(dàn)更多人(rén)對 mNGS 未來的(de)發展還是持肯定态度！
一、mNGS寒冷(lěng)期即将來臨？
要了解 mNGS 未來的(de)發展情況，就要先了解國家器(qì)審中心是怎樣的(de)存在？
國家器(qì)審中心，是唯一一家國家級醫療器(qì)械技術(shù)審評機構，是國家藥品監督管理(lǐ)局（NMPA）的(de)直屬事業(yè)單位，主要負責申請注冊的(de)國産第三類醫療器(qì)械産品和(hé)進口醫療器(qì)械産品的(de)受理(lǐ)和(hé)技術(shù)審評、參與拟訂醫療器(qì)械注冊管理(lǐ)相(xiàng)關法律法規和(hé)規範性文(wén)件(jiàn)等工(gōng)作。
醫療器(qì)械是指直接或者間接用(yòng)于人(rén)體的(de)儀器(qì)、設備、器(qì)具、體外診斷試劑及校(xiào)準物(wù)、材料以及其他(tā)類似或者相(xiàng)關的(de)物(wù)品，包括所需要的(de)計(jì)算機軟件(jiàn)。
總的(de)來說，器(qì)審中心，相(xiàng)當于“定規則、出卷子、判分(fēn)數”的(de)考官，而考生自然是各大(dà) mNGS 廠(chǎng)家。要想産品上(shàng)市，必須先通過我的(de)考試的(de)意思，以規範化 mNGS 行(xíng)業(yè)。
文(wén)章(zhāng)的(de)标題“當前...考慮”，，，也(yě)有(yǒu)點意思，像是在做一道閱讀(dú)理(lǐ)解題。
“當前”什(shén)麽意思？當下，現在，不是昨天，也(yě)不是未來；隻代表當下器(qì)審中心的(de)意見，這是一種曆史、客觀、發展的(de)表述方式。
“考慮”，不是意見征集稿，更不是指導原則，姿态放(fàng)低，沒有(yǒu)居高(gāo)臨下的(de)态度，從而有(yǒu)了交流討(tǎo)論的(de)餘地(dì)。
而文(wén)章(zhāng)的(de)内容，，，就像是在劃考點，考官對考生的(de)考點。你(nǐ)以後如(rú)果要申請注冊 mNGS 相(xiàng)關醫療器(qì)械産品的(de)話(huà)，就要注意這些。赤裸裸的(de)考點！
這次的(de)文(wén)章(zhāng)，跟第一次器(qì)審中心發表的(de) mNGS 相(xiàng)關文(wén)章(zhāng)相(xiàng)比，有(yǒu)了很多新的(de)思考。既是老師(shī)，也(yě)是學生，摸著(zhe)石頭過河。文(wén)章(zhāng)對 mNGS 的(de)臨床應用(yòng)、設計(jì)開(kāi)發、驗證确認等八個(gè)方面都(dōu)進行(xíng)了闡述，關注焦點，事無巨細。
二、文(wén)章(zhāng)要點
1. 預期臨床使用(yòng)場(chǎng)景
（1）患者表現爲發熱(rè)或發熱(rè)症候群，病因未明(míng)确（符合不明(míng)原因發熱(rè)定義），考慮感染或不除外感染，但(dàn)規範性經驗抗感染治療無效，在應用(yòng)常規技術(shù)檢測的(de)基礎上(shàng)，開(kāi)展 mNGS 産品檢測。
（2）各種原因導緻患者急危重症表現，不除外感染所緻，或考慮繼發或并發危及生命的(de)嚴重感染，在常規檢測的(de)基礎上(shàng)，開(kāi)展 mNGS 産品檢測。
（3）免疫受損患者疑似繼發感染，常規病原學檢查未能(néng)明(míng)确緻病原或/和(hé)規範性經驗抗感染治療無效，建議進一步完善常規病原學檢測的(de)同時，或在其基礎上(shàng)，開(kāi)展 mNGS 産品檢測。
（4）疑似局部感染，病原學診斷未明(míng)确、不及時處理(lǐ)則後果嚴重時，在常規檢測的(de)基礎上(shàng)，開(kāi)展 mNGS 産品檢測。
（5）高(gāo)度疑似感染性疾病，但(dàn)病原學診斷未明(míng)确且常規抗感染治療無效，建議進一步完善常規病原學檢測、處理(lǐ)原發感染竈，調整經驗抗微生物(wù)治療方案的(de)同時開(kāi)展 mNGS 檢測。
（6）慢(màn)性感染，或慢(màn)性疾病不除外感染，尤其是二者臨床表現相(xiàng)似、難以鑒别時，病情嚴重或抗感染治療療效不佳需要明(míng)确病因，建議在完善常規檢測、調整經驗治療的(de)同時開(kāi)展 mNGS 産品檢測。
（7）其他(tā)患者疑似特殊病原體感染或從相(xiàng)關流行(xíng)病學角度考慮需要進行(xíng) mNGS 産品檢測。
2. 檢測病原體種類範圍
mNGS 從理(lǐ)論上(shàng)講能(néng)夠無偏倚的(de)檢測各類微生物(wù)，包括病毒、細菌、真菌、寄生蟲、支原體、衣原體等，但(dàn)受産品配套使用(yòng)的(de)參考數據庫及生信分(fēn)析過程涵蓋的(de)病原體種類、樣本類型、核酸提取方式、核酸靶标類型等幾個(gè)方面的(de)影響。
3. 配套使用(yòng)的(de)數據庫
（1）公共數據庫，如(rú) NCBI nr/nt database、NCBI RefSeq database 等。
（2）自建數據庫，對公開(kāi)數據庫中基因組序列進行(xíng)挑選、整理(lǐ)、分(fēn)類，然後通過程序軟件(jiàn)将收集到(dào)的(de)基因組序列整理(lǐ)成适用(yòng)于本産品的(de)微生物(wù)及人(rén)源序列比對數據庫。
4. 測序數據要求
一般而言，數據應達到(dào)以下指标：Q30 堿基數量占比 >80%、接頭污染比例不超過 1%、有(yǒu)效序列長度不小(xiǎo)于 50bp、數據的(de)有(yǒu)效比對率應大(dà)于 70% 等。
5. 陽性判斷值的(de)研究
陽性判斷值的(de)研究，主要是爲了區分(fēn)真陽性、真陰性，以及判斷實驗過程中污染的(de)微生物(wù)等。一些胞内菌和(hé)厚壁微生物(wù)的(de)檢出率低，因此即使在檢測報告中某種/某些胞内菌/厚壁菌檢出序列數不高(gāo)，也(yě)要考慮其爲緻病病原體的(de)可(kě)能(néng)。
6. 檢測結果的(de)報告
用(yòng)于臨床輔助診斷的(de) mNGS 報告應包括測序總序列數、檢測病原微生物(wù)列表、檢出病原特異序列數量、檢測病原範圍、覆蓋度、測序深度、檢測方法及檢測技術(shù)說明(míng)。
7. 驗證與确認的(de)考慮
基于 mNGS 技術(shù)的(de)産品，因其預期用(yòng)途涵蓋的(de)病原體的(de)種類非常廣，産品驗證與臨床試驗應對檢測範圍内的(de)病原體進行(xíng)有(yǒu)充分(fēn)覆蓋度、有(yǒu)充分(fēn)代表性的(de)性能(néng)評價。
總結：
mNGS 可(kě)以測萬物(wù)，不會(huì)還真的(de)有(yǒu)人(rén)以爲，管一下就會(huì)香消玉殒吧(ba)？不管就可(kě)以野蠻生長？這種想法不敢苟同。并且，mNGS 的(de)預期用(yòng)途在于輔助診斷而不是作爲确診的(de)依據。
試問一下，臨床中哪種技術(shù)是普遍适用(yòng)的(de)？
以當前最熱(rè)的(de) PCR 技術(shù)爲例，PCR 具有(yǒu)操作簡單、靈敏度高(gāo)、價格便宜等優點，但(dàn)隻能(néng)檢測已知的(de)核酸序列、隻能(néng)定性分(fēn)析，而不适用(yòng)于疑難的(de)、新發的(de)病原微生物(wù)。
可(kě)見，“在特定的(de)臨床應用(yòng)場(chǎng)景下，具有(yǒu)臨床意義”這句話(huà)，可(kě)以适用(yòng)于任何一項檢測技術(shù)。一項好的(de)檢測技術(shù)應該優勢互補，剛開(kāi)始或許會(huì)被質疑，逐漸才被接受，但(dàn)最終目的(de)還是爲患者服務，适合患者的(de)才是最有(yǒu)意義的(de)。
美(měi)格醫學助力感染性疾病的(de)檢出：
美(měi)格醫學是一家專注于感染性疾病分(fēn)子診斷的(de)高(gāo)新技術(shù)企業(yè)，擁有(yǒu)豐富的(de)臨檢經驗，數據質量有(yǒu)保障。美(měi)格醫學遵守從業(yè)規範開(kāi)展檢測活動，始終秉承著(zhe)以規範化、專業(yè)化、标準化的(de)質控體系，緻力于爲廣大(dà)用(yòng)戶提供全面、快速、精準的(de)臨床檢測服務，持續爲國内臨床檢測行(xíng)業(yè)貢獻專業(yè)力量，築牢“健康中國”！ 美(měi)格醫學 mNGS 項目檢測範圍基于能(néng)提供廣域搜索、并持續更新的(de)參考基因組數據庫，包含約有(yǒu) 60萬+ 株微生物(wù)參考基因組，檢測展示的(de)結果主要來源于經過細緻整理(lǐ)、可(kě)精确鑒定的(de)微生物(wù)種類數據庫，總共 23796 種。
圖：mNGS 檢測範圍
