2023 年 9 月(yuè) 12 日是第 19 個(gè)“中國預防出生缺陷日”,今年的(de)活動主題爲“預防出生缺陷,科學健康孕育”。自從我國二胎政策放(fàng)開(kāi)以來,高(gāo)齡孕婦的(de)産前診斷需求也(yě)日益增長。
據估計(jì),我國新生兒出生缺陷的(de)發生率占比較高(gāo),約爲 5.6%,其中染色體畸變約占出生缺陷遺傳學病因的(de) 80% 以上(shàng),具體包括染色體數目異常(多數導緻流産和(hé)死胎)、大(dà)片段缺失/重複及緻病性基因組拷貝數變異(pCNVs)等。
有(yǒu)研究表明(míng),核型分(fēn)析未見異常但(dàn)超聲提示結構異常的(de)胎兒中,有(yǒu) 6%~7% 存在明(míng)确緻病或可(kě)能(néng)緻病的(de) CNVs。此外,核型分(fēn)析與超聲均未發現異常的(de)胎兒中,有(yǒu) 1.0%~1.7% 存在明(míng)确緻病或可(kě)能(néng)緻病的(de) CNVs。因此,對包括 pCNVs 在内的(de)染色體畸變進行(xíng)及時、準确的(de)産前診斷,将有(yǒu)利于進一步減少(shǎo)活産兒的(de)嚴重出生缺陷。
根據《低深度全基因組測序技術(shù)在産前診斷中的(de)應用(yòng)專家共識》,基于高(gāo)通量測序的(de)低深度全基因組測序(copy number variation sequencing,CNV-seq)憑借其高(gāo)通量、低成本、低比例嵌合檢測準确等優點,可(kě)作爲一線産前診斷技術(shù)對可(kě)能(néng)存在胎兒染色體異常的(de)孕婦進行(xíng)産前診斷。下面,我們來詳細了解一下這項技術(shù)→


拷貝數變異(CNV)


定義:
拷貝數變異(CNV)是由于基因組發生重排而導緻的(de),一般指長度爲 1kb 以上(shàng)的(de)基因組大(dà)片段的(de)拷貝數增加或者減少(shǎo),主要表現爲亞顯微水(shuǐ)平的(de)缺失和(hé)重複,是人(rén)類染色體疾病的(de)重要緻病因素之一。
CNV 的(de)存在形式:
(1)兩條同源染色體拷貝數同時出現缺失;
(2)一條正常,一條同源染色體發生缺失;
(3)一條正常,一條同源染色體發生重複;
(4)一條同源染色體發生缺失,一條同源染色體發生重複;
(5)兩條同源染色體拷貝數同時出現重複。



低深度全基因組測序
(CNV-seq)
CNV-seq 是指采用(yòng)高(gāo)通量測序技術(shù)對樣本 DNA 進行(xíng)低深度全基因組測序,将測序結果與人(rén)類參考基因組堿基序列進行(xíng)比對,通過生物(wù)信息分(fēn)析以發現受檢樣本存在的(de) CNVs。技術(shù)原理(lǐ):将等量的(de)待測樣本 DNA 和(hé)正常對照(zhào) DNA 建庫測序後,分(fēn)别與參考序列進行(xíng)對比。通過比較兩個(gè)樣本每個(gè)滑窗内比對 reads 數目的(de)多少(shǎo)來确定每個(gè)位點的(de)拷貝數,從而在全基因組範圍内檢測出受檢樣本中可(kě)能(néng)存在的(de)染色體異常。
(1)檢測範圍廣:覆蓋全染色體非整倍體、大(dà)片段缺失/重複及全基因組 CNVs;(2)高(gāo)通量:可(kě)更好地(dì)緩解當前産前診斷服務供給嚴重不足的(de)矛盾;(3)操作簡便:實驗流程簡便,數據分(fēn)析自動化程度高(gāo),質控标準清晰,報告周期短,可(kě)在顯著節省人(rén)力的(de)同時降低人(rén)爲誤差風險;(4)兼容性好:一台高(gāo)通量測序儀可(kě)同時進行(xíng)無創産前篩查(NIPS)和(hé) CNV-seq 檢測,有(yǒu)效節約實驗室的(de)空間和(hé)設備成本;(5)低比例嵌合體的(de)檢測:CMA 技術(shù)對于 <30% 的(de)嵌合體無法進行(xíng)準确分(fēn)析,而 CNV-seq 技術(shù)可(kě)以檢測更低比例的(de)嵌合體,在理(lǐ)想條件(jiàn)下可(kě)檢測低至 5% 的(de)染色體非整倍體嵌合,在臨床樣本中可(kě)發現超過 10% 的(de)染色體非整倍體嵌合;(6)低 DNA 樣本量的(de)檢測:有(yǒu)研究表明(míng),CNV-seq 技術(shù)可(kě)精确檢測低至 10~50 ng 的(de) DNA 樣本,更具有(yǒu)臨床适用(yòng)性。(來源于《低深度全基因組測序技術(shù)在産前診斷中的(de)應用(yòng)專家共識》)
臨床意義:
(1)胎兒染色體異常檢測:産前診斷,排查胎兒異常原因;(2)新生兒/兒童染色體異常檢測:爲發育異常、智力障礙,多發畸形等患兒排查染色體異常因素,爲疾病确診和(hé)治療提供指導信息;(3)流産物(wù)、死産胎兒檢測:查明(míng)遺傳學原因,指導再次生育;(4)成人(rén)染色體異常檢測:查明(míng)反複流産、異常妊娠的(de)原因,指導再次生育。


美(měi)格醫學 CNV-seq 有(yǒu)哪些優勢?
美(měi)格醫學 CNV-seq 檢測項目基于 NovaSeq 6000 高(gāo)通量測序平台對染色體拷貝數變異進行(xíng)檢測分(fēn)析,可(kě)檢測 23 對染色體的(de)非整倍體變異及大(dà)于 50Kb 的(de)微缺失/微重複,适用(yòng)于排查自然流産、先天畸形、智力障礙、發育遲緩等多種疾病的(de)遺傳病因。
産品優勢多:
(1)檢測準确:測序深度 3X ,數據均勻覆蓋全基因組 23 對染色體;
(2)分(fēn)析精細:可(kě)檢測分(fēn)析 50Kb 以上(shàng)微缺失/微重複、非整倍體;
(3)性價比高(gāo):價格優勢明(míng)顯,交付數據優質;
(4)解讀(dú)精準:深度剖析解讀(dú)指南,全方位解析權威數據庫及文(wén)獻信息。
送檢流程完善:
推薦送檢樣本類型:血液 4~5 ml,置于 EDTA 抗凝管,冰袋運輸。
參考文(wén)獻:
[1] 中華人(rén)民(mín)共和(hé)國衛生部.《中國出生缺陷防治報告(2012)》問答[J]. 中國實用(yòng)鄉村醫生雜志, 2012, 19(20): 3-5.
[2] Evans MI,Wapner RJ,Berkowitz RL. Noninvasive prenatal screening or advanced diagnostic testing:caveat emptor [J]. Am J Obstet Gynecol, 2016, 215(3): 298 -305.
[3] 中華醫學會(huì)醫學遺傳學分(fēn)會(huì)臨床遺傳學組等. 低深度全基因組測序技術(shù)在産前診斷中的(de)應用(yòng)專家共識 [J]. 中華醫學遺傳學雜志, 2019, 36(4): 293-296.