多重靶向測序技術(shù)臨床感染應用(yòng)文(wén)獻分(fēn)享
一、tNGS應用(yòng)于急性下呼吸道感染
題目：
發表雜志：2020 年 12 月(yuè)《Annals of translational medicine》
影響因子：3.297
作者單位：河北醫科大(dà)學第二醫院檢驗科和(hé)呼吸與重症監護醫學科
結論：在 295 名痰培養受試者中，147 名患者有(yǒu)明(míng)确感染的(de)病原體和(hé) 148 名患者沒有(yǒu)感染病原體。病原體組的(de)絕大(dà)多數患者（105 例）均有(yǒu)單一病原體，27 例患者有(yǒu) 2 種複合病原體，15 例患者有(yǒu) 3 種革蘭氏陰性菌。
本項研究還調查了在 11 種常見的(de)病原菌中 ，其中痰培養陽性樣本有(yǒu) 137 例，tNGS 陽性樣本有(yǒu) 131 例，tNGS 總體覆蓋率爲 95.62%。繪制(zhì)受試者工(gōng)作特征（ROC）曲線顯示，與傳統的(de)痰培養法相(xiàng)比，tNGS 病原菌的(de)靈敏度更高(gāo)，特異性也(yě)比較令人(rén)滿意，至少(shǎo) tNGS 可(kě)以作爲傳統痰培養的(de)補充方法 [1]。
二、tNGS應用(yòng)于分(fēn)枝杆菌物(wù)種鑒定
題目：
發表雜志：2021 年 2 月(yuè)《Journal of clinical microbiology》
影響因子：5.897
作者單位：上(shàng)海(hǎi)同濟大(dà)學醫學院附屬上(shàng)海(hǎi)肺科醫院呼吸内科
結論：用(yòng) 10 株分(fēn)枝杆菌來評價 GenSeizer 平台的(de)特異性，同時把下呼吸道分(fēn)離(lí)的(de) 9 種非分(fēn)枝杆菌作爲陰性對照(zhào)。結果顯示：GenSeizer 平台可(kě)以特異性地(dì)鑒定分(fēn)枝杆菌的(de)種類，且不存在交叉反應。在檢測特定分(fēn)枝杆菌的(de)序列數時，GenSeizer 組的(de)序列數遠高(gāo)于對照(zhào)組的(de)。該平台特異性強，靈敏度高(gāo)，分(fēn)枝杆菌的(de)檢測限（LODs）爲 5 個(gè) DNA 拷貝數或 50 個(gè) CFU/ml。
在盲比較中，GenSeizer 和(hé)多基因測序在鑒定 88 株臨床分(fēn)枝杆菌的(de)能(néng)力上(shàng)顯示出 100% 的(de)一緻性。經 30 株膿腫分(fēn)枝杆菌宏基因組測序（mNGS）确認的(de)耐藥基因型，GenSeizer 也(yě)能(néng) 100% 正确識别。這些結果表明(míng) GenSeizer 是分(fēn)枝杆菌感染的(de)一種高(gāo)效、可(kě)靠的(de)檢測平台[2]。
三、tNGS應用(yòng)于血流感染
題目：
發表雜志：2018年1月(yuè)《軍事醫學》
作者單位：軍事科學院軍事醫學研究院微生物(wù)流行(xíng)病研究所病原微生物(wù)生物(wù)安全國家重點實驗室
結論：Ampliseq 法的(de)靈敏度爲 95.38% ，特異性爲 95.45% ，Kappa 值爲 0.839~1. 000，LOD 均可(kě)達到(dào) 10^1 數量級 CFU/ml。該法可(kě)在 15 h 内在同一反應體系内快速檢測 4 種常見血流感染病原體，靈敏度和(hé)特異性均較好[3]。
美(měi)格醫學tNGS簡介：
美(měi)格醫學基于超多重 PCR 和(hé)二代測序技術(shù)開(kāi)發的(de) TEPseq（Targeted Enrichment Of Pathogens For Sequencing）多重靶向測序，簡稱 tNGS，除鑒别病原微生物(wù)的(de)種類外，還能(néng)同時對特定物(wù)種的(de)耐藥基因及毒力因子基因進行(xíng)分(fēn)析，可(kě)以輔助臨床醫生制(zhì)定精準診療方案。
參考文(wén)獻：
[1]Chao LS, Li JH, Zhang YN, et al. Application of next generation sequencing-based rapid detection platform for microbiological diagnosis and drug resistance prediction in acute lower respiratory infection. Annals of translational medicine. 2020. 8(24):1644.
[2]Li B, Xu LY, Qi G, et al. GenSeizer: a Multiplex PCR-Based Targeted Gene Sequencing Platform for Rapid and Accurate Identification of Major Mycobacterium Species. Journal of clinical microbiology. 2021. 59(2): e00584-20.
[3]李倩, 劉鵬, 張彥等. 檢測 4 種血流感染病原體的(de)靶向序列富集與測序相(xiàng)結合技術(shù)方法評價. 軍事醫學. 2018. 42(1): 53-56.
