爲促進和(hé)規範 mNGS 在醫院獲得性肺炎（hospital-acquired pneumonia, HAP）診療中的(de)合理(lǐ)應用(yòng)，近期，《宏基因組學測序技術(shù)在成人(rén)醫院獲得性肺炎中的(de)臨床應用(yòng)專家共識》在《中國急救複蘇與災害醫學雜志》發布。該共識指出 HAP 患者在流感病毒、冠狀病毒等 RNA 病毒流行(xíng)期間建議首選 DNA 和(hé) RNA 同測。
摘要
醫院獲得性肺炎主要是指包括細菌、真菌、病毒、原蟲及支/衣原體等病原體在入院 48 h 後引發的(de)各類肺實質炎症。對于不明(míng)病原體感染的(de)醫院獲得性肺炎，宏基因組測序技術(shù)能(néng)夠檢測幾乎所有(yǒu)病原體核酸，所以該技術(shù)尤爲适用(yòng)于病原檢測。宏基因測序技術(shù)實驗流程操作略顯繁瑣，分(fēn)析流程複雜，檢測結果冗長，因此對實驗室操作人(rén)員及解讀(dú)人(rén)員的(de)素質要求頗高(gāo)，對相(xiàng)關的(de)質量控制(zhì)也(yě)需要标準化。簡述了該技術(shù)在醫院獲得性肺炎中的(de)應用(yòng)及關鍵環節的(de)質量控制(zhì)。
醫院獲得性肺炎是指至少(shǎo)在入院 48 h 後發生的(de)肺炎，患者住院期間未接受有(yǒu)創機械通氣、未處于病原感染的(de)潛伏期，而于入院 48 h 後新發，是常見的(de)醫院獲得性感染疾病。快速診斷病原體及其耐藥情況，及時恰當使用(yòng)抗感染藥物(wù)對于 HAP 患者的(de)診療和(hé)康複至關重要。
宏基因組二代測序技術(shù)（metagenomics next generation sequencing, mNGS）通過直接提取臨床樣本中的(de)核酸進行(xíng)文(wén)庫構建和(hé)高(gāo)通量測序，利用(yòng)生物(wù)信息學算法分(fēn)析樣本中包含的(de)病原微生物(wù)序列的(de)種類及耐藥基因和(hé)毒力基因，能(néng)夠快速并且準确地(dì)檢測各種臨床樣本中的(de)病原微生物(wù)，可(kě)顯著提高(gāo)病原檢測的(de)敏感性，大(dà)大(dà)縮短檢測時間。
但(dàn) mNGS 應用(yòng)于臨床尚有(yǒu)諸多問題需要解決，包括标本中人(rén)源污染影響低豐度微生物(wù)檢出、生物(wù)信息學分(fēn)析複雜、檢測特異性略差、需專業(yè)人(rén)士進行(xíng)結果解讀(dú)等，以下爲共識推薦意見一覽→
共識推薦意見一覽
1. 檢測流程
共識 1
建議 HAP 患者開(kāi)展 mNGS 檢測時，最好采集支氣管肺泡灌洗液或者氣道抽吸物(wù)。
共識 2
建議 HAP 患者如(rú)存在免疫功能(néng)低下、基礎疾病嚴重或病情危重時，且在經濟允許的(de)情況下，進行(xíng)微生物(wù)培養送檢的(de)同時開(kāi)展 mNGS 檢測。
共識 3
在流感病毒、冠狀病毒等 RNA 病毒流行(xíng)期間，建議 HAP 患者開(kāi)展宏基因組檢測時，首選 DNA 和(hé) RNA 檢測項目。
共識 4
建議 HAP 患者開(kāi)展 mNGS 檢測時，要求相(xiàng)關實驗室測序數據量至少(shǎo)保證 10 M 以上(shàng)。
共識 5
建議 HAP 患者開(kāi)展 mNGS 檢測時，臨床檢測報告中要體現内參和(hé)對照(zhào)品的(de)檢測合格性。
共識 6
建議 HAP 患者開(kāi)展 mNGS 檢測時，檢測結果要結合基礎疾病史、臨床其他(tā)檢測結果綜合考慮。
2. mNGS 報告解讀(dú)
共識 7
建議 HAP 患者開(kāi)展 mNGS 檢測時，如(rú)檢測到(dào)多種細菌時，需要考慮混合感染，同時結合臨床表現綜合考慮主要感染源。
共識 8
建議 HAP 患者開(kāi)展 mNGS 檢測時，如(rú)檢測到(dào)毒力基因，需要重點考慮高(gāo)毒力肺炎克雷伯菌，如(rú)檢測到(dào)耐藥基因，避免使用(yòng)耐藥基因對應的(de)抗生素，但(dàn)可(kě)以通過藥敏試驗對耐藥基因進行(xíng)驗證。
共識 9
建議 HAP 患者開(kāi)展 mNGS 檢測時，如(rú)患者爲嚴重的(de)粒細胞減少(shǎo)或嚴重的(de)細胞免疫缺陷繼發HAP 時，除重點關注一般細菌外，真菌、病毒和(hé)胞内菌等機會(huì)性感染也(yě)需重點關注。
共識 10
建議 HAP 患者開(kāi)展 mNGS 檢測時，如(rú)檢測到(dào)嗜肺軍團菌，需要考慮是否存在院内供水(shuǐ)污染等情況。
共識 11
建議 HAP 患者開(kāi)展 mNGS 檢測時，如(rú)檢測到(dào)支原體和(hé)衣原體，需要考慮是否存在院内污染。
共識 12
建議 HAP 患者開(kāi)展 mNGS 檢測時，如(rú)檢測到(dào)常見的(de)口腔定植菌，需要考慮是否存在機械通氣和(hé)誤吸等情況。
共識 13
建議 HAP 患者開(kāi)展 mNGS 檢測時，如(rú)患者有(yǒu)持續性嚴重的(de)免疫缺陷症如(rú)艾滋病、中性粒細胞減少(shǎo)症等，檢測到(dào)真菌且針對用(yòng)藥無效時，需要結合流行(xíng)病學情況等考慮真菌耐藥的(de)可(kě)能(néng)。
共識 14
建議 HAP 患者開(kāi)展 mNGS 檢測時，如(rú)檢測到(dào)常見的(de)呼吸道相(xiàng)關病毒時，結合該病毒流行(xíng)病學情況，同時關注患者是否存在流行(xíng)病學接觸史，參考血清 IgM 抗體和(hé) IgG 抗體的(de)情況綜合考慮。
共識 15
建議 HAP 患者開(kāi)展 mNGS 時，如(rú)果檢測結果爲陰性，可(kě)以針對臨床可(kě)疑的(de)微生物(wù)進行(xíng) PCR 驗證，同時陰性結果對于排除感染具有(yǒu)較好的(de)陰性預測意義，但(dàn)需要結合其他(tā)檢測結果綜合考慮。
參考文(wén)獻：羅亮, 陳仲清, 陳爾真等. 宏基因組學測序技術(shù)在成人(rén)醫院獲得性肺炎中的(de)臨床應用(yòng)專家共識[J]. 中國急救複蘇與災害醫學雜志, 2023, 18(05): 561-568.
